Nakon 415 godina otomanske sile na ovim prostorima, godine 1878. odlukom Berlinskog kongresa a pod pritiskom velikih svjetskih država napušta Tursko Carstvo Bosnu i Hercegovinu ostavljajući iza sebe ovakvu sliku stanovništva: pravoslavnih – 496.485 ili 42,88% raspoređenih u 251 župi; muslimana – 448.613 ili 38,75%; katolika 209.391 ili 18,08% raspoređenih u 238 župa.
Austro-Ugarska će zaposjesti BiH i njome upravljati sve do kraja I. svjetskog rata. Potajni ugovor između Austro-Ugarske i Porte (Carstva) predviđa da privremena okupacija Austro-Ugarske ne dokida suverena prava Sultana na BiH. Ponovna uspostava redovite crkvene hijerarhije u BiH bila je moguća tek nakon propasti Turskoga Carstva. Apostolskim pismom Ex hac augusta od 5. srpnja 1881. Papa Leon XIII. je ustanovio hijerarhiju redovitih biskupa prema propisima crkvenoga prava i to po uzoru na neke europske zemlje premda je ovdje stanje bilo daleko zamršenije i teže. Od tada vrhbosansku metropoliju sačinjavaju: vrhbosanska nadbiskupija sa sjedištem u Sarajevu, biskupija mostarsko-duvanjska sa sjedištem u Mostaru i banjalučka biskupija sa sjedištem u Banjoj Luci. Godine 1890. u sastav metropolije ulazi i trebinjska biskupija kojom otada upravlja mostarski biskup kao apostolski administrator. Granice su između biskupija bile određene u Apostolskom pismu. Papa daje povlasticu vladaru Austro-Ugarske da imenuje nadbiskupe i biskupe u tim zemljama kako se to obavljalo u Monarhiji. Imenovani su i prvi pastiri novoosnovanih dijeceza: u Sarajevu dr. Josip Stadler, metropolita, u Mostaru fra Paškal Buconjić, biskup, u Banja Luci fra Marijan Marković, biskup. Njihova zadaća je bila zalagati se za vjerski, kulturni i nacionalni napredak. Bosansko-hercegovačka crkvena pokrajina ostala je i dalje pod jurisdikcijom Kongregacije Propagande.
Nastankom redovite hijerarhije i normalnijih prilika promijenila se i povijesna misija bosanskih franjevaca. Jedan od najtežih problema koji se pojavio s ustanovom redovite hijerarhije bilo je pitanje oko podjele župa između redovničkog i biskupijskog klera.
Prvim vrhbosanskim nadbiskupom bio je imenovan svećenik zagrebačke nadbiskupije Dr. Josip Stadler, čovjek iznimno velikog apostolskog žara. Sa sobom on dovodi marljive suradnike, Isusovce, razne družbe časnih sestara a i sam je utemeljitelj jedne družbe. U nekoliko desetljeća austro-ugarske uprave Katolička Crkva je doživjela pravi procvat i to na mnogim područjima. Pokrenuo je katolički tisak. Porastao je broj vjernika. Osnovane su tri nove bogoslovije: metropolijska (interdijecezanska) započinje radom u Travniku 1890., a u Sarajevo prelazi 1893., franjevačka u Mostaru 1895., i franjevačka bogoslovija u Sarajevu 1909. Osnovana su i tri mala sjemeništa sa sjedištima u Travniku, Kreševu (Visokom) i na Širokom Brijegu. U BiH se otvaraju škole u kojima su napose bile angažirane redovnice. Zatečeno stanje u školstvu je bilo katastrofalno. Primjerice, 1910. godine u BiH je bilo 77,45 % nepismenih katolika, ali i 89,92 % nepismenih pravoslavaca i 94,65 % nepismenih muslimana. Atentat u Sarajevu bio je povod I. svjetskom ratu. Rat koji je navješten Srbiji odnio je i mnogo života i Hrvata iz BiH. Stadler se zalagao za ujedinjenje povijesnih hrvatski zemalja u okviru Monarhije na temelju zamisli o njezinom trialističkom preustroju. Pogotovo je to bilo naglašeno u vrijeme aneksije BiH. Netko reče da o Bosni nažalost najčešće odlučuju oni koji je najmanje poznaju i vole. Stadler upozorava Papu Benedikta XV. na opasnost koja prijeti katoličanstvu i hrvatstvu ako dođe do rata između Italije i Austro-Ugarske. On predosjeća opasnost za katoličanstvo u BiH poslije pobjede Antante i njezinih saveznika Srbije i Rusije. Raspadom austro-ugarske Monarhije i nastankom Kraljevine Srba, Hrvata i Slovenaca započinju teška desetljeća za hrvatski narod. Istodobno umire i nadbiskup Stadler i to u trenucima kad je politika njegovih političkih protivnika trijumfirala. U političkom smislu Stadler je bio najprije pravaš a potom frankovac. Nepravedno je ušao u historiografiju kao neprijatelj franjevaštva u Bosni, te kao protivnik Srba i Muslimana.
Prvi vrhbosanski nadbiskup umire ostavljajući nadbiskupiju na početku novih, važnih i sudbonosnih događaja. Pitao se što će biti od nadbiskupije kada je samo prije četiri godine izbio I. svjetski rat. Ovi strahovi su našli potvrdu u dugojsede vacante nadbiskupije (1918.-1922.)
Nakon I. svjetskog rata Sveta Stolica nije priznavala pravo patronata državama nasljednicama Austro-Ugarske. U novonastaloj situaciji pojavili su se i mnogi problemi. Jedan od njih je bio taj što Beograd ne želi prihvatiti pomoćnog biskupa Ivana Šarića kao Stadlerova nasljednika. Ipak, upornim insistiranjem i diplomatskim naporima Svete Stolice, Šarić je postao drugi nadbiskup vrhbosanski. Jednakim apostolskim žarom i neiscrpnom energijom nastavlja Šarić i orati brazdu koju je njegov prethodnik duboko zaorao. U vrijeme nadbiskupa Šarića u nadbiskupiji nastaje demografski boom: broj katolika se neprestano povećavao. Poseban briga drugog vrhbosanskog nadbiskupa je bila gradnja ili obnova crkvenih objekata. Za vrijeme svoje uprave Šarić je osnovao 17 župa. Putem Katoličke Akcije on se borio protiv nevjere, nemorala i indiferentizma. Iz križarskih redova nicala su mnoga svećenička i redovnička zvanja, izrastali su laici osposobljeni za promicanje katoličkih načela u javnom životu. i ponajbolji katolički ljudi javnoga života. Kraljevina Jugoslavija bila po pismenosti jedna od posljednjih zemalja u Europi. BiH je bila jedno od njezinih ekonomski najnerazvijenijih područja. Nepismenost i siromaštvo su bili u to vrijeme pokazatelji stanja. Nepismenih je 1921. bilo više od 80%.
Katolički tisak u to vrijeme bio je oružje istine a Sarajevo je već od Stadlera centar katoličkog tiska. Uz Vrhbosnupotrebno je spomenuti i Nedjelju kao i ove listove: Križ, Katolički tjednik, Narod…
Svi su listovi bili strogo cenzurirani a neki i zabranjivani. Razdoblje od 1918. do 1941. obilježeno je novom državnom tvorevinom, najprije nazvanom Kraljevinom Srba, Hrvata i Slovenaca, a od 1929. godine Kraljevinom Jugoslavijom. Jedna od prijelomnih etapa razvoja države jest upravo 1929. kada završava vrijeme pseudoparlamentarizma a započinje vrijeme diktature. Kraljevinom stvarno i pravno upravlja srpski kralj i srpska vlast, koja je kao takva protežirala Srpsku pravoslavnu Crkvu. U toj tvorevini katolici i muslimani su se morali boriti za vjersku ravnopravnost. Jaki centralizam Beograda, represije nad nesrpskim stanovništvom te napose ubojstvo Stjepana Radića u beogradskom parlamentu stvorilo je distancu i uvjerenje o nemogućnosti suživota. U tom razdoblju zbilo se sastavljanje i potpisivanje konkordata između Svete Stolice i Kraljevine Jugoslavije ali i gaženja konkordata na beogradskim ulicama 1937. U tom i takvom vremenu događaji su se odvijali na način da je proces općeg društvenog razvoja bio ubrzavan, prekidan, nastavljan u novim oblicima i sadržajima, nesklon normalnom putu razvoja za pojedince, narode i državu.
Kulturalne, ekonomske, političke, povijesne, nacionalne i religiozne razlike bile su razlog neprestanog razilaženja, trvenja i borbe koja je doživjela svoj vrhunac u II. svjetskom ratu. U razdoblju 1941. do 1945. bijesni II. svjetski rat. Bosna je u sastavu Nezavisne Države Hrvatske.
U zemlji ratuje više vojski koji se bore za svoje interese. Dolazi do teškog krvoprolića među ljudima različitih nacija i religija. Opet nevolje za Crkvu. Tijekom rata i neposredno nakon njega Katolička Crkva trpi velike gubitke. Titovi partizani su pogubili više katoličkih svećenika i redovnika a njihovim dolaskom na vlast počeo je otvoreni i perfidni progon političkih neistomišljenika. Nakon II. svjetskoga rata zatvorene su bogoslovije u Sarajevu i Mostaru, mala sjemeništa u Travniku i Širokom Brijegu. Sve redovnice su protjerane iz BiH, veći je dio crkvene imovina nacionaliziran, djelovanje svih crkvenih organizacija zabranjeno. Crvi su oduzete tiskare, katolički je tisak zabranjen. Mora se priznati da je o događanjima za vrijeme rata nadbiskup Šarić bio nedovoljno informiran (naime, u to vrijeme danonoćno se bavio prijevodom Sv. pisma). Iako političar nikada nije bio, mora mu se priznati da je bio veliki rodoljub. Neposredno pred završetak rata od straha pred partizanima povukao se u izbjeglištvo, obišao je nekoliko europskih zemalja a najduže se zadržao u Španjolskoj u Madridu gdje je i umro i pokopan. Njegovo životno djelo je prvi cjeloviti objavljeni prijevod Svetoga Pisma na hrvatski jezik.
Nakon rata dolazi ropstvo (tamnica) za hrvatski narod i Katoličku Crkvu. Crkva ulazi u novu Jugoslaviju – komunističku i ateističku gdje doživljava moderne katakombe, progone i arene. Tek 60-ih godina progoni počinju jenjavati. U prvih 20-ak godina nakon rata u Republiku Hrvatsku se odselilo preko 100.000 Hrvata iz BiH. Početkom sedamdesetih su «otvorene granice» a time pojačana ekonomska i politička migracija. Godine 1969. bit će ponovno otvorena dijecezanska bogoslovija u Sarajevu. Polako se pojavljuje novi katolički tisak. S vremenom se vraćaju i časne sestre. U tom periodu na prostoru BiH kao i cijeloj državi, postoji samo jedna partija – komunistička s dva cilja: prvi, postojeće nacije pretopiti u jugoslavenstvo, i drugi, sve religije eliminirati s ovih prostora i iz srca ljudi. Takvom perfidnom planu su se oduprle sve religije. U tome su najviše uspjeha imali, ali i najviše progona, doživjeli članovi Katoličke Crkve. Brojni biskupi i svećenici našli su se na montiranim sudskim procesima i završili zatvorima. Kad se vidjelo da progoni ne pomažu, pristupilo se formiranju tzv. staleških udruženja vjerskih službenika pomoću kojih su komunisti manipulirali i ostvarivali svoje političke ciljeve i interese. Očito je da je to mučno razdoblje povijesti, još uvijek prekriveno velom šutnje, i ono je za sada historia clandestina. S Drugim vatikanskim saborom (1962. – 1965.) dolazi do bitnih pomaka u Katoličkoj crkvi. Naglasak je stavljen na ekumenizam i dijalog s drugim religijama kao i sa samim ateizmom, za dobro svih ljudi i religija.
Nadbiskupi vrhbosanski:
1. Dr. Josip Stadler (14. 1. 1882. – 8. 12. 1918.)
2. Dr. Ivan Šarić (2. 5. 1922. -16. 7. 1960.)
– Dr. Marko Alaupović, u odsutnosti nadbiskupa upravlja Nadbiskupijom kao generalni provikar, kasnije kao generalni vikar (1945. -1960.)
3. Dr. Marko Alaupović (7. 9.1960. -13.1.1970.)
4. Dr. Smiljan Franjo Čekada (13.1.1970. -18.1. 1976.)
5. Dr. Marko Jozinović (23.10.1977. 19.4.1990.)
6. Vinko kardinal Puljić (7. 12. 1990. -)